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TU Berlin

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Thema

Untersuchung paralleler Optimierungsverfahren an einem Beispiel aus der Chemie
 

Bearbeiter

Andreas Spreen, 2000

Aufgabenstellung

Die Wirkung von chemischen Substanzen (z.B. Arzneimitteln) läßt sich - ohne Betrachtung der zugrundeliegenden chemischen Abläufe - über sogenannte Strukturdeskriptoren berechnen. Die Berücksichtigung aller möglichen Deskriptoren führt jedoch nicht nur zu einem hohen Berechnungsaufwand, sondern reduziert unter Umständen auch die Genauigkeit der Berechnung. Aus der Menge der gegebenen Deskriptoren ist also eine "sinnvolle" Teilmenge herauszusuchen. Die Qualität der Teilmenge läßt sich durch eine Funktion berechnen. Es handelt sich also um ein klassisches Optimierungsproblem. Es sollen parallele Algorithmen erstellt werden, die auf der Basis eines Trainingsdatensatzes verschiedene Verfahren zur Selektierung geeigneter Deskriptoren (z.B. genetische Algorithmen) untersuchen. Chemische Vorkenntnisse sind bei der Durchführung des Projektes nicht erforderlich. Die für die Programmierung benötigten chemischen und biologischen Daten sowie ein vorhandenes sequentielles Verfahren auf der Basis Genetischer Algorithmen (GA/PLS) werden gestellt.

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